Одна из главных (а в условиях мирового финансово- экономического кризиса - основных) функций таможенных органов заключается в сборе таможенных платежей. В "докризисный" период поступления от таможенных платежей составляли 50 и более процентов доходной налоговой части федерального бюджета.

Неслучайно ФТС России наделена всеми необходимыми полномочиями, включая возможность проведения инвентаризации в порядке, установленном для проведения инвентаризации налоговыми органами в соответствии с Налоговым кодексом РФ.

Таможенные проверки могут коснуться любых лиц, владеющих товарами, как незаконно ввезенными в РФ, так и товарами, в отношении которых у таможенных органов нет данных об их таможенном оформлении.

Если в процессе проведения таможенного контроля будут обнаружены признаки налоговых правонарушений, то таможенные органы сообщают об этом в налоговую службу.

С созданием Таможенного союза России, Беларуссии и Казахстана контрольные полномочия ФТС России будут значительно увеличены.